MFC42.DLLについて

MFC42.DLLの置き場所について質問です。Windows98、Meは左記DLLがC:\Windows\Systemに
保持されています。
一方、Windows2000、XpはC:\Windows\System32に保持されています。何故なのでしょう？
現在、Windows98の環境でVB6のセットアップディスクをディストリビューションウィザード
を用いて作成しているのですが、左記ディスクでは2000とXpで上手くセットアップができま
せん。
MFC42.DLLの置き場所の違いが影響しているのでしょうか？