Public Class Form1
    Dim myapp As String = "excel.exe"
    'Dim myapp As String = "notepad.exe"
    Private Sub Button1_Click(sender As Object, e As EventArgs) Handles Button1.Click
        Dim p As New System.Diagnostics.Process()
        p.StartInfo.FileName = myapp
        p.Start()
    End Sub
    Private Sub Button2_Click(sender As Object, e As EventArgs) Handles Button2.Click
        Dim p As New System.Diagnostics.Process()
        p.StartInfo.FileName = myapp
        p.Start()
        p.WaitForExit()
        MsgBox("完了")
    End Sub
End Class

Button1はexcel.exeまたはnotepad.exeを起動します。

Button2はexcel.exeまたはnotepad.exeを起動して
そのプロセスが終了したら完了のメッセージボックスを表示します。

実行環境 : Win10 + Office2016 + VB2017


上記のプログラムを実行すると次のような動きになります。
Ａ）Button1を押すと、excel.exeが起動します。
　　→問題なし。
Ａで起動したエクセルを終了します。

Ｂ）Button2を押すと、excel.exeが起動し、WaitForExitで待機状態となります。
　　エクセルを終了すると完了のメッセージボックスが表示されます。
　　→問題なし。

Ｃ）Button1を押して、excel.exeを起動します。
　　エクセルが起動している状態で、Button2を押します。
　　エクセルが２つ表示された状態になりますが、
　　その状態で完了のメッセージが表示されてしまいます。
　　→なぜかWaitForExitが働いていない状態。

Ｃのケースでも、２つ目に起動したエクセルが終了するまで
WaitForExitで待機状態にすることはできないでしょうか？

ちないみに、コメントアウトしているnotepad.exeの方で試すと、
Ｃのケースも問題なく待機状態となります。

ちなみに、
Win7 + Office2010 + VB2010 の環境で同じプログラムを実行すると
excel.exeもnotepad.exeも
Ｃのケースでも問題なく待機状態となります。